Isabela se formó por la fusión de seis volcanes en escudo: Ecuador, Lobo, Darwin, Alcedo, Sierra Negra y Cerro Azul. Todos los volcanes, excepto el Ecuador, siguen activos. El volcán más famoso de la isla es el Sierra Negra; su caldera, que mide 10 km de norte a sur y 9 km de este a oeste, es la segunda mayor del mundo. 

La situación geográfica de Isabela la convierte en una de las masas de tierra más interesantes y singulares del planeta, la única isla situada a horcajadas sobre la línea ecuatorial y en el extremo de la corriente ascendente de Humboldt. Esta corriente oceánica trae grandes cantidades de plancton fértil desde el Pacífico hasta las costas de Galápagos, creando aguas ricas en nutrientes y una increíble diversidad de vida marina. Las aguas que rodean Isabela son unas de las más extraordinarias del planeta, atrayendo a depredadores como los tiburones de Galápagos, los tiburones toro y los tiburones de arrecife. El Canal de Bolívar, entre Isabela y la vecina Fernandina, es el mejor lugar de Galápagos para avistar cetáceos; en la zona se han identificado unas 16 especies de ballenas, entre ellas jorobadas, cachalotes, sei, minke y orcas. 

Esta joven isla no sigue las zonas de vegetación de las demás, con un conjunto muy complejo e interesante de vegetación de tierras bajas. Esta singularidad se debe a los campos de lava relativamente nuevos y a los suelos circundantes. Los suelos no han desarrollado suficientes nutrientes para sustentar las variadas zonas de vida que se encuentran en otras islas, lo que da lugar a una flora muy inusual. Las tierras altas del sur de la isla albergan abundante vegetación debido a los vientos alisios del sureste. 

Puerto Vilamil es la única ciudad de Isabela, con una población aproximada de 1.800 habitantes. La economía principal de esta localidad solía ser la pesca, pero ahora sus habitantes se han volcado en el turismo. Se ha abierto un pequeño aeropuerto en la costa este de la isla, y en los últimos años se han construido carreteras asfaltadas y un pequeño número de pensiones. 

Isabela es el hogar de muchos animales en peligro de extinción y endémicos, algunos con un área de distribución de sólo unos pocos kilómetros cuadrados, como el críticamente amenazado pinzón de manglar. En Pingüino de Galápagos y el cormorán no volador también se encuentran en Isabela, junto con iguanas marinas, iguanas terrestres, piqueros, pelícanos, Cangrejos Sally Lightfoot, Los pinzones de Darwin, Halcones de Galápagos y palomas de Galápagos. 

Retos de la conservación

Isabela ha sufrido mucho por la introducción de especies invasoras por parte del hombre, sobre todo cabras y burros. Los balleneros y otros marineros introdujeron las cabras en el sur de Isabela, y en los años 70 la población se extendió al norte de la isla, donde su número se disparó y causó estragos en el ecosistema, amenazando a especies como las tortugas gigantes. Galapagos Conservation Trust fue una de las organizaciones que apoyaron el Proyecto Isabela, una iniciativa para erradicar las cabras invasoras de Pinta, Santiago y el norte de Isabela que comenzó en 1997 y finalizó en 2006.  

Aunque las cabras y los burros se eliminaron con éxito del norte de Isabela, y quedan pocas cabras en el sur de la isla, especies invasoras como los gatos y las ratas siguen suponiendo una amenaza para la fauna salvaje de Isabela. Entre las especies en peligro se encuentran el pinzón de manglar y la iguana terrestre rosada, dos de las especies más amenazadas del archipiélago, ambas sólo presentes en Isabela.