Fernandina posee un entorno casi totalmente prístino, con un único lugar de visita, Punta Espinosa, una estrecha lengua de tierra en el extremo noreste de la isla.  

Fernandina consta de un volcán central y una caldera, un extenso campo de lava y unas pocas zonas de vegetación compuestas principalmente por cactus y manglares. Desde la creación del Parque Nacional de Galápagos, se han registrado más de una docena de erupciones, la última en 2020, algunas de las cuales duraron varios días. En toda la isla abundan extraordinarias formaciones de lava, y esta actividad volcánica esporádica y el duro paisaje volcánico dan a la isla un dramático telón de fondo. 

Debido a las frías aguas de la corriente de Cromwell, los mares que rodean Fernandina e Isabela occidental son los más ricos del archipiélago en nutrientes y vida marina. Fernandina es un lugar privilegiado para la observación de aves, donde es posible ver garzas y garcetas buscando alimento entre las raíces de los manglares y las rocas. Pingüinos de las Galápagos nadando por las orillas. Cormoranes no voladores también viven en Fernandina y a menudo se les ve posados en las rocas con sus alas rasgadas extendidas al sol. 

La corriente fría del océano produce exuberantes y espesas algas, el principal componente del iguana marina’de la dieta. Esto ha permitido que las iguanas de Fernandina sean las más grandes del archipiélago. La isla también tiene la mayor iguana terrestre población por kilómetro cuadrado en Galápagos. Las iguanas terrestres anidan tanto en el borde de la caldera como en sus profundidades. 

Retos de la conservación

Fernandina es con frecuencia monitorizado para invasor species ya que es uno de los sólo dos más grande islas (junto con Genovesa) que have nunca se ha visto afectado por mamíferos introducidos como las ratas, que tienen devastada especies endémicas de otros lugares de Galápagos. La otra amenaza potencial para la flora y la fauna son las especies vegetales invasoras, como la zarzamora, los arbustos de lantana o los arbustos de guayaba, que podrían competir con la vegetación autóctona.