El visitante más célebre de las Galápagos fue sin duda el joven Charles Darwin en 1835 a bordo de HMS Beagle, al mando del capitán Robert FitzRoy. El barco volvía a casa después de pasar tres años cartografiando las costas de Sudamérica, desde el Río de la Plata hasta Chiloé, en el sur de Chile. En sus viajes por las pampas argentinas y las cordilleras de los Andes, recogiendo animales y fósiles y estudiando la geología, Charles Darwin conoció más fenómenos que ningún otro científico.
Sus cualidades innatas para indagar con espíritu crítico y abierto en los porqués de cada una de sus observaciones le habían hecho dudar de la veracidad de la visión de la Creación que la mayoría de los científicos tenían en aquella época., así como a la Iglesia, sosteniendo que todas las especies eran fijas e inmutables. En Galápagos encontró una notable población de plantas, aves y reptiles que se habían desarrollado aislados del continente, pero que a menudo diferían en islas casi idénticas próximas entre sí, y cuyas características sólo podía explicar por una transformación gradual de las distintas especies.
Poco después de su regreso a Inglaterra en 1836, Charles Darwin llegó al principio de la ‘selección natural’ como mecanismo para la creación de nuevas especies, pero durante los 20 años siguientes mantuvo sus ideas estrictamente en secreto para sí mismo, Charles Lyell y Joseph Hooker, mientras acumulaba pacientemente pruebas en su apoyo. El 1 de julio de 1858, en respuesta a una carta de Alfred Russel Wallace, que había propuesto una teoría prácticamente idéntica, aunque con menos pruebas, se presentaron los trabajos conjuntos de Darwin y Wallace en la Linnean Society de Londres. Darwin se dedicó entonces a escribir una exposición más completa de su teoría y Sobre el origen de las especies se puso a la venta a los libreros el 24 de noviembre de 1859.
Aunque sus ideas fueron pronto aceptadas por la mayoría de los científicos, el desafío que planteaban a la Iglesia y al resto de la sociedad tardó más en dejar huella, pero su importancia al obligar a la humanidad a adoptar una visión radicalmente nueva de sí misma ha sido reconocida universalmente desde hace mucho tiempo.
Los acontecimientos que condujeron a la contratación de Darwin para navegar en HMS Beagle eran un tanto extrañas. Cuando en 1830 el capitán Robert FitzRoy comandaba el buque en el primero de sus dos viajes de reconocimiento, tuvo problemas en Tierra del Fuego debido a la tendencia de la población local a robar todo lo que caía en sus manos. Intentó frenar sus robos tomando algunos rehenes, pero éstos prefirieron quedarse con su botín a liberar a sus camaradas. Se quedó con cuatro fueguinos en sus manos y concibió la idea de llevarlos de vuelta a Inglaterra para que fueran educados, y más tarde regresar a Tierra del Fuego para transmitir los beneficios de la civilización a su pueblo.
Los Lords Comisionados del Almirantazgo no se mostraron muy favorables a sus propuestas filantrópicas, pero finalmente sucumbieron a la presión de sus influyentes parientes y le volvieron a nombrar al mando del barco en 1831 para que pudiera completar el estudio y repatriar a sus fueguinos. FitzRoy había dejado constancia en 1830 de que si volvía a salir le gustaría tener un geólogo con él para examinar la tierra mientras él y sus oficiales se ocupaban de la hidrografía. Pidió a sus amigos de la Universidad de Cambridge que le propusieran a una persona adecuada para ese puesto y se les ocurrió el nombre de Charles Darwin, que acababa de licenciarse en teología pero al que se consideraba muy prometedor tanto en geología como en historia natural. Una vez persuadido el padre de Charles de que el viaje no sería inadecuado para su profesión elegida de clérigo, fue entrevistado por FitzRoy y aceptado como su compañero para servir como geólogo y naturalista del Beagle.
En la frase inicial de Sobre el origen de las especies, ...Darwin afirmó que sus observaciones a bordo... HMS Beagle había desempeñado un papel fundamental en el desarrollo de sus teorías. Sin embargo, la idea de que le asaltó un cegador destello de inspiración al aterrizar por primera vez en las Galápagos y ver los pinzones que llegaron a llevar su nombre dista mucho de la realidad.
De sus notas se desprende claramente que durante los nueve meses siguientes a su visita a las Galápagos siguió creyendo en la fijeza de las especies, y sus primeras dudas sobre la corrección de esta doctrina, escritas hacia el 1 de julio de 1836 en la última etapa del viaje, se basaban en los sinsontes que había recogido, no en los pinzones. No fue hasta marzo de 1837, cuando el ornitólogo John Gould le comunicó que los pinzones no pertenecían, como él suponía, a varias familias muy diferentes, sino a una nueva y notable familia conocida ahora como Geospizinae. Entonces quedó claro que Darwin había mezclado algunos de sus especímenes y no había registrado con su cuidado habitual dónde habían sido recogidos exactamente todos ellos, por lo que se vio obligado a pedir ayuda a aquellos de sus compañeros de barco que también habían cazado algunos pinzones.
La colección resultante, ahora depositada en el Museo de Historia Natural de Londres, ha sido descrita como la pesadilla de un taxónomo. Sin embargo, la forma en que los miembros de esta familia de aves habían evolucionado para ocupar varios nichos ecológicos claramente diferentes ha quedado plenamente confirmada por trabajos posteriores, y estudios recientes en Galápagos sobre los picos de los pinzones han aportado nuevas y sorprendentes pruebas sobre el funcionamiento de la selección natural en tiempo real.
El concepto de conservación aún no había nacido en 1835 y, como se ha visto, Charles Darwin se comportó como todos sus predecesores y partió con un gran cargamento de tortugas. Pero en diez años las tortugas se extinguieron en la isla Floreana, en parte debido a las fuertes depredaciones de los barcos visitantes y en parte porque las tortugas salían perdiendo debido a la competencia con las cabras que se habían introducido y a la destrucción de sus huevos y crías por perros y ratas. Darwin habría sido el primero en darse cuenta de la importancia vital de proteger la fauna y la flora de los competidores salvajes para que las Islas Encantadas permanecieran tal y como él las encontró.
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